昭和21年という戦後の混乱期に、「スポーツによって市民に喜びと活力を」を合言葉として、スポーツ愛好者によって結成された団体です。
軟式野球、陸上競技など11競技が競技団体を結成し、協会に加盟しました。
その後、スポーツ施設の充実が進み、これに伴って外郭団体が発足、少しづつ体制が整っていきました。
さらに、昭和44年の「第24回国民体育大会」の本県開催で大きく盛り上がり、「見るスポーツ」から「するスポーツ」へと変貌しました。
新しい競技種目も次々に誕生し、団体を結成して協会に加盟し、現在34の加盟競技団体で構成しています。
また、平成22年に財団法人佐世保市体育振興会と一体化し、財団法人佐世保市体育協会となり、平成24年4月1日、国の公益財団法人改革に伴い、公益財団法人佐世保市体育協会へ移行し、令和３年４月１日には公益財団法人佐世保市スポーツ協会と名称変更を行い現在に至っております。
本協会は、公益財団法人として、スポーツの普及と発展を推進するため各種事業の企画・運営を図り、また、佐世保市及び長崎県の指定管理者として、安全で快適なスポーツ施設の提供に努めています。